La Baie de Matavai qui se situe au Nord de l'île de Tahiti, était le point où tous les navigateurs ancraient leurs navires, de Wallis en 1767, de Cook en 1769, Bougainville en 1786, de la Bounty en 1788. Mais la rade de Papeete offre une grande passe et une entrée profonde et permet une sécurité et une facilité de débarquement grâce à ses nombreux cours d'eau qui rejoignaient la mer. C'est dès la moitié du XIXème siècle que commence le développement du port de Papeete. En 1843, l'Amiral Bruat propose au Gouvernement français le choix de Papeete comme capitale et comme port.
Avec l'arrivée CEP (Centre d'expérimentation du Pacifique) en 1963, le port se dote d'infrastructures modernes et remarquables pour la zone Pacifique.
Aujourd'hui le port de passagers est le 2ème port français, en particulier grâce au trafic important avec l'ile sœur de Moorea.