De récentes découvertes archéologiques nous apprirent que l’histoire de l’occupation humaine de Huahine remonte à 1100 ans au moins. Huahine Iti dépendait de Huahine Nui qui, à l’origine, était divisée en dix districts. Fare, capitale de Huahine, est une abréviation pour Fare-nui-atea. Huahine est réputée pour le caractère unique de son village de Maeva, où tous les chefs de districts vivaient côte à côte et adoraient leurs ancêtres sur leurs marae respectifs. Les grands marae, Manunu, à Huahine Nui, et Anini, à Huahine Iti, servaient à leurs communautés respectives.
Chaque marae a un ahu (autel) à 2 paliers, siège élevé pour les dieux. Le Dr. K P. Emory, du Bishop Museum, enregistra à Huahine 54 marae en 1925 et depuis lors 10 autres furent. découverts. La plupart des marae que nous voyons aujourd’hui à Huahine furent bâtis soit au 16eme siècle, soit plus tard. Les restaurations furent dirigées par le Dr. Sinoto, pour l’office de développement du tourisme de la Polynésie française.